Studia II stopnia stanowią pogłębiony etap kształcenia akademickiego, ukierunkowany na rozwój zaawansowanych kompetencji diagnostycznych, terapeutycznych i badawczych. Program adresowany jest do absolwentów studiów I stopnia, którzy chcą rozszerzyć swoje kwalifikacje zawodowe, podnieść poziom specjalizacji oraz przygotować się do samodzielnej i odpowiedzialnej pracy pedagogicznej. Kształcenie na tym poziomie łączy zaawansowaną wiedzę teoretyczną z intensywną praktyką, rozwija umiejętność krytycznej analizy problemów edukacyjnych oraz przygotowuje do dalszego rozwoju naukowego lub pracy eksperckiej w systemie oświaty i terapii. Student pedagogiki drugiego stopnia po pierwszym semestrze dokonuje wyboru modułu kształcenia.